《拳皇13》是老牌格斗游戏《拳皇》系列第13代最新作，也是接续《拳皇2003》、《拳皇11》之后的“阿修篇”三部曲完结篇，画面采用高解析度2D图像构成，承袭传统3人组队对战玩法，收录31名参战角色以及“新极限超必杀技”与“超驱动模式”等大幅强化的格斗系统。游戏初版共登场33名角色，其中大部分被分为十个队伍。队伍分别是：伊丽莎白队、日本队、饿狼传说队、超能力战士队、怒队、女性格斗家队、八神队、龙虎之拳队、金队、K'队。除了以上的参赛队伍，另存在个人参赛角色：阿修·克里门森。斋祀（变身后）、血之螺旋疯狂阿修作为CPU专用角色，通常情况下无法进行选择，但通过修改补丁等方式可进行相应的选择。在版本中新追加了五名可操作角色，分别是斋祀（未变身）、比利·凯恩、NESTS风格京、取回了炎的庵、空手道先生。通过使用相应的指令或达成相应条件即可进行人物的选择。对战中的角色将在画面中显示相应的个人情况，其中包括体力槽、防御耐久槽、驱动槽、能量槽。

       体力槽与能量槽作为格斗游戏中常见的基础设定，用于体现角色的生命值与可使用超必杀技的能量值。在体力槽下方的防御耐久槽将表示角色防御攻击可持续多久，若耐久槽减空则会出现防御崩坏的情况。驱动槽位于能量槽的上方，攻击对手或收到攻击时则会上升，在当前角色退场后将会被队友继承。角色可以通过消耗驱动槽进“驱动取消”，并在满槽后进入“超级驱动模式”。在上一部《拳皇XI》的结尾，祸忌被草薙京和八神庵合力击败后，被紫苑投出的长枪所贯穿后死去，紫苑则消失于次元的裂缝。但是余下的一族们像嘲笑一般夺走了由哈迪伦所率领的调查部队的努力成果并现身于其面前。他们所说的遥远彼之地是什么？为何要执着的要寻求大蛇之力呢？另一方面，八神庵因为受活性的大蛇之血支配而暴走，将早已精疲力尽的草薙京击倒在地。阿修·克里门森突然出现，偷袭并打败了暴走八神庵，取走了苍炎及其八尺琼勾玉，并摆脱了伊丽莎白的阻拦。随着神乐千鹤之后进一步得到八神庵的力量。八咫之镜已破，八尺琼勾玉已碎，三神器之中只余下草薙之剑......

        时间将至，相继的遭遇事故，一直被担心能否能举行的KOF大会。可是在某人的强力推动下，KOF大会反而以史上最大的形式来举行。以世界各地为擂台，在空前绝后的规模下举行的异种格斗大会以前所未有的华丽报道下升温。然后，第13届拳皇大会的挑战书送往强者们……寄信人则是……“R”！在大会的终末阶段，时间突然静止，遥远彼之地的首领斋祀率众成员出现。其企图以活祭的方式让大蛇苏醒，通过借助大蛇的力量，穿越时空之门回到过去，避免族人被灭绝的过去，同时消除所有人类。在关键时刻，阿修利用神器之力偷袭了斋祀，夺取其冥炎之力以了结一切。然而斋祀凭借其强大力量竟反噬阿修，意图操纵阿修以达成其目的；最后阿修凭借其惊人意志力控制了身体主权，阻止了斋祀的阴谋。由于斋祀是阿修的祖先，而其是通过穿越时空的方式来到现在的时间。随着祖先死去，阿修亦因为时间悖论的关系消失在除伊丽莎白之外所有人的记忆中。一切迷雾最终得以揭开，遥远彼之地篇宣告结束……